Depuis 1986, l'Aquarium-des-Îles-de-la-Madeleine participe au développement scientifique et éco-touristique madelinot. Situé au coeur du site historique de la Grave, à Havre-Aubert, l'Aquarium a été aménagé à même un ancien entrepôt de gréements de pêche et de salaison de poisson. Il possède des bassins d'observation et de manipulation qui accueillent, durant la saison estivale, des poissons et des organismes marins représentatifs du golfe du Saint-Laurent, ainsi qu'un bassin d'observation de phoques vivants et des locaux abritant des expositions reliées à la thématique de l'Aquarium. De mai à octobre, l'Aquarium acueille aussi entre 15 000 et 20 000 visiteurs par année.

L'Aquarium-des-Îles-de-la-Madeleine a pour mandats d'élaborer des programmes de sensibilisation à l'environnement marin et côtier, de présenter au grand public la faune et la flore marine du golfe du Saint-Laurent, de diffuser l'information concernant les richesses naturelles ainsi que leur rapport à l'homme et de favoriser la recherche en biologie.

La communauté est très impliquée dans l'organisme, plus d'une centaine de personnes groupes en sont membres et la collaboration des médias ainsi que d'organismes en tourisme et en environnement y est importante. Ce sont les pêcheurs Madelinots qui, chaque année, amènent l'ensemble de la collection vivante en démonstration. Cette collection est remise à l'eau à l'automne dans un esprit de conservation.